du startest ja immerwieder eine neue activity wenn du auf einen button klickst, ohne die gerade vorhandene zu löschen. Da ist es kein wunder dass sich da der stack füllt. Wenn du von deiner zweiten activity zurück zur main möchtest, musst du nur auf den back button klicken. von dort aus kannst du dann erneut eine second activity aufrufen.
Kommt drauf an welches Menü du meinst. Definierst du als Menü eine MainActivity von der aus du zu X anderen Activites kommst, oder definierst du Menü als diese drei punkte in einer Action/Toolbar wo man menuitems hinzufügen kann?
Wobei, die antwort wird wohl die selbe sein. Wenn du eine Activity verlassen möchtest, klickst du einfach auf den zurückbutton.
Hallo,
was mir sehr gut geholfen hat, Activtys, Intents und der damit verbundene Life-Cycle zu durchblicken war ein Dokuement, dass ein Berufsschuldozente im Rahmen seines Kurses angefertigt hat:
http://www.bs7-augsburg.de/aic…id_Course_2_1_Intents.pdf
Dort wird auch sehr verständlich beschrieben, was das Android-Betriebssystems für einem übernimmt und welche Sachen überhautp in deiner Verantwortung liegen "die sauber zu händeln" und natürlich die benötigten schnittstellen 
Das steht noch ausführlicher in der android dokumentation von google 
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