Je nach Gerät ist die interne Speicherkarte nochmal in einzelne Partitionen aufgeteilt, so dass für den Systembereich nicht allzu viel Speicher zur Verfügung steht.
Aber wenn du das Ding nicht mit zu großen Apps vollgepflastert hast (Einstellungen - Apps/Anwendungen zeigt dir die Größen), dann könnte auch in anderen Verzeichnissen viel gespeichert sein. Einige Apps speichern irgendwelche Log-Daten bis die SD-Karte voll ist...
Aber wenn die App abstürzt, ist sie ja schon mal auf der SD-Karte gespeichert - dann sollte der Fehler woanders liegen. Du kannst ja mal die App von Eclipse aus auf dem Handy starten (evtl. vorher deinstallieren) und dann schauen, was für eine Absturzmeldung kommt. Die hilft dir (und uns) dann eher weiter...