Damit musst du rechnen...
Nun kommt's drauf an, wie du die Farben in deiner App einsetzt: wenn möglich solltest du alle Farben in color-Resouces packen (hast du ja auch schon angefangen).
Die Farben kannst du schnell anpassen und hast damit dann auch alle Hintergründe und Schriftfarben im Griff. Bei Bedarf kannst du dann sogar noch nachträglich Änderungen vornehmen (Stichwort "Einstellungen" - "Farbschema").
Interessant wird es bei Grafiken.
Erste Möglichkeit: du machst png-Grafiken mit "sicheren" Farben (grau, blau, rot und helle Farben sind "stabiler" als grün) und einem durchsichtigen Hintergrund (Alpha-Kanal).
Zweite Möglichkeit: du kannst Grafiken über unterschiedliche Drawables und Canvas erzeugen und dabei auch die color-Resources nutzen.
Und denk auch an Leute mit Farbsehschwäche - rot und grün niemals direkt nebeneinander.